Privatanleger müssen sich bei der Depotführung entscheiden, ob sie ihre Hausbank (Filialbank) oder einen Onlinebroker damit beauftragen möchten. Auf den ersten Blick erscheint es sehr praktisch, das Wertpapierdepot bei der Filialbank zu führen, die auch das Girokonto betreut. So entfällt die Eröffnung eines Transferkontos zum Depot mithilfe des Postident-Verfahrens, das bei Onlinebrokern obligatorisch ist. Und auch ansonsten braucht der Kunde sich um wenig zu kümmern: Er beauftragt einfach seinen Berater mit der Eröffnung eines Depots, Kauf- und Verkaufsorders können telefonisch aufgegeben werden, am Ende des Jahres erhält er einen Depotauszug. Außerdem ist es bei vielen Banken üblich, guten Kunden Tipps zur Aktien- oder Fondsauswahl zu geben.

Doch das Führen des Wertpapierdepots durch die Hausbank besitzt auch gravierende Nachteile: In der Regel sind die anfallenden Kosten bei einer Filalbank wesentlich höher als bei einem Onlinebroker. Filialbanken verlangen jährliche Depotgebühren, oft hohe zweistellige Summen, viele Onlinebroker verzichten komplett darauf. Noch ungünstiger wirken sich bei einer großen Zahl von Transaktionen die hohen Ordergebühren aus, die Filialbanken üblicherweise in Rechnung stellen. Oft wird ein bestimmter Prozentsatz der Order als Gebühr berechnet, bei größeren Aufträgen können so mehrere Hundert Euro Provision belastet werden. Onlinebroker nehmen stattdessen eine feste Gebühr von wenigen Euro je Order, manche verzichten ganz auf eine Provision. Ein Ordergebühren Vergleich ist also vor dem Abschluss einer Depoteröffnung anzuraten.

Ein weiterer Nachteil der Depotführung bei der Hausbank ist die begrenzte Erreichbarkeit: Außerhalb der Öffnungszeiten geht nichts. Bei Onlinebrokern gilt dagegen das Prinzip 7/24, es kann an jedem Tag der Woche rund um die Uhr geordert werden. Auch die Möglichkeit des außerbörslichen Handels wird aktiven Privatanlegern nur von Onlinebrokern eingeräumt; so können auch von diesen Kunden direkt Optionsscheine, Zertifikate und andere Finanzinnovationen gehandelt werden. Da Onlinebroker Echtzeithandel betreiben, ist bei ihnen auch Daytrading möglich. Darüber hinaus hat der Depotkunde bei einer Transaktion die Wahl zwischen vielen Handelsplätzen und muss sich nicht wie bei der Hausbank auf einen oder zwei beschränken.